Sebastian Gruner wurde 1983 in Karl-Marx-Stadt (heute Chemnitz) geboren. Er studierte Theaterwissenschaft an der Universität Bayreuth sowie Musiktheater-Regie an der Hochschule für Musik und Theater Hamburg. Regieassistenzen und -hospitanzen führten ihn an die verschiedensten Häuser, u.a. an die Semperoper Dresden, die Deutsche Oper Berlin, Staatsoper Hamburg, ans Schloßtheater Schwetzingen, an die Wuppertaler Bühnen, zur Opera Ireland, sowie zu den Festwochen für Alte Musik nach Innsbruck.
Innerhalb des Regie-Studiums entstanden auch eigene Arbeiten, wie z.B. Leonard Bernsteins Einakter Trouble in Tahiti. Mit Georg Friedrich Händels Teseo beendete er sein Studium.
Sebastian Gruner war von 2011 bis 2013 als Regieassistent und Abendspielleiter am Landestheater Detmold engagiert. Dort inszenierte er erfolgreich Udo Zimmermanns Kammeroper Weiße Rose. In der Spielzeit 2013/14 war er in selbiger Funktion am Badischen Staatstheater Karlsruhe engagiert.
Von 2014 bis 2018 arbeitete er als Regisseur und Regieassistent am Theater Magdeburg, wo er Verdis Nabucco in einer Fassung für Kinder und Jugendliche, Grigori Frids Mono-Oper Das Tagebuch der Anne Frank, die Kammeroper Julie von Philippe Boesmans, sowie Mozarts Die Entführung aus dem Serail (Kinderfassung) in Szene setzte.
Seit 2018 ist Sebastian Gruner freischaffend tätig.